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• Hallerscher Gefässkranz, Circulus arteriosus (vasculosus) nervi optici: Der Arterienring um die Eintrittsstelle des Sehnerven in den Augapfel, der von den Aa. ciliares posteriores gespeist wird. Die Gefässe treten in den Augapfel über und bilden in der Aderhaut die Haller-Schicht (Lamina vasculosa). Die Entdeckung des Circulus arteriosus nervi optici wird auch dem Göttinger Augenarzt Johann Gottfried Zinn (1727–1759) zugeschrieben. Die Priorität ist schwer zu entscheiden, da sich die Lebenszeiten beider Forscher überlappen. Zinn dürfte seine Beobachtungen 1753 bis 1755 gemacht haben und damit möglicherweise früher als Haller.
• Tripus Halleri: Die Aufteilung des arteriellen Truncus coeliacus in seine drei Äste: A. hepatica communis, A. splenica (seu lienalis), A. gastrica sinistra.
• Ansa Halleri: Anastomose des Nervus glossopharyngeus mit dem Nervus facialis. Was Haller seinerzeit nicht wissen konnte, es geht bei dieser Anastomose um die parasympathische Innervation der Ohrspeicheldrüse. Die Fasern vom Nucleus salivatorius inferior ziehen via N. glossopharyngeus, Plexus tympanicus, N. petrosus minor zum Ganglion oticum, wo sie auf ihr zweites Neuron umgeschaltet werden. Die postganglionären parasympathischen Fasern legen sich dem N. auriculotemporalis des N. mandibularis (3. Trigeminusast) an und gelangen mit ihm zur Gegend vor dem Ohr, wo sie mit dem Plexus parotideus des N. facialis anastomosieren.
• Ansa Haller-Sappey: Anastomose des Nervus glossopharyngeus mit dem Ramus auricularis des Nervus vagus für die sensible Innervation des äusseren Gehörganges.
• Arcus lumbocostalis medialis et lateralis seu Ligamentum arcuatum internum et externum diaphragmatis Halleri: Die Psoasarkade und die Quadratusarkade, die gemeinsam das Crus laterale der Pars lumbalis des Zwerchfells bilden.
• A. abdominalis subcutanea von Haller: Heute Arteria epigastrica superficialis.
• A. alaris Halleri seu alaris glandulosa axillaris seu alaris thoracica: Arterienast für Haut und Lymphknoten der Achselhöhle. Sie wird in modernen Anatomiebüchern nicht mehr aufgeführt und müsste ein heute unbenannter Ast der A. thoracica superior oder der A. thoracica lateralis sein.
• Circulus callosus Halleri: Der Anulus fibrosus cordis, das bindegewebige Herzskelett an der Grenze zwischen Vorkammern und Kammern des Herzen für die Anheftung der beiden Segelklappen.
• Circulus venosus mamillae Halleri: Das Venengeflecht um die Brustwarze.
• Coni vasculosi Halleri: Hierunter verstand Haller nicht nur die Coni vasculosi sensu stricto (die Ductuli efferentes im Nebenhodenkopf), sondern alle Tubuli im Hoden.
• Fretum Halleri: Die Engstelle zwischen dem embryonalen Herzen und dem Bulbus aortae, wo sich später die Taschen der Aortenklappe entwickeln.
• Glandulae Halleri: Solitäre Lymphfollikel im Darm.
• Habenula Halleri: Der rudimentäre Processus vaginalis des Bauchfells. Der Processus vaginalis ist eine Aussackung des Bauchfells durch den Leistenkanal. Beim Mann wird sein distales Ende zum Cavum serosum scroti, das den Hoden nach dessen Abstieg enthält. Der proximale Teil des Processus vaginalis obliteriert und bildet sich in der Regel zurück. Wenn er persistiert, kann er den Bruchsack für angeborene Leistenbrüche abgeben. Bei der Frau bildet sich in der Regel der gesamte Processus vaginalis zurück. Persistiert er, heisst er Diverticulum Nucki nach dem Leidener Anatom Anton Nuck (1650–1692).
• Ligamentum colicum Halleri: Der rechte Teil des Lig. gastrocolicum, also ein Teil des grossen Netzes (Omentum majus).
• Pons hepaticus Halleri: Eine funktionell unbedeutende, fakultative Brücke aus Lebergewebe über dem Mündungsabschnitt des Lig. teres hepatis.
• Rete vasculosum testis (v. Haller): Das Rete testis im Mediastinum testis (Hoden).
• Taenia semicircularis thalami (v. Haller): Eine Schicht im Corpus geniculatum laterale des Zwischenhirns.
• Vasa aberrantia Halleri: Bezeichnung für Ductuli efferentes, die als Urnierengänge persistieren, aber keinen Anschluss an den Wolff-Gang (Urnierenkanal, später Nebenhodengang) finden.
• Velum plexus chorioidei interpositum Halleri: Die Tela chorioidea im dritten Hirnventrikel des Zwischenhirns.
• Haller Blindsack: Sinus obliquus pericardii im Herzen.
• Haller Hernie: Hernia vaginalis. Sehr seltene Hernie durch das Gefüge des Beckenbodens.