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In Seite Messinische Salinitätskrise:

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Neben der Erosion der untermeerischen Canyons wird die Austrocknung des Mittelmeeres auch für die tiefgreifende Verkarstung im Norden und Osten der Adria verantwortlich gemacht sowie für die rasche Abtragung der Alpen.

Bei der Bewertung der klimatischen Folgen der messinischen Salinitätskrise ist es oft schwer, Ursache und Wirkung zu unterscheiden. Hat die vermehrte Bildung von Gletschern eine globale Senkung des Meeresspiegels ausgelöst und somit die Abschnürung des Mittelmeeres bewirkt? Oder hat die Bindung enormer Mengen von Salz die Salinität des Weltmeeres verringert, damit den Gefrierpunkt des Meerwassers erhöht und die Bildung von Eis gefördert? Jedenfalls lässt sich während des Miozäns ein trockeneres, steppenartiges Klima in Teilen Mitteleuropas nachweisen, während im Pliozän, nach der Flutung des Mittelmeeres, das Klima immer feuchter und kühler wurde, bis hin zur letzten Eiszeit.

Während der Boden des Mittelmeeres weitgehend trocken und wüstenartig war, breiteten sich Nadelwälder von den umliegenden Plateaus die Kontinentalabhänge hinunter aus. Die heutigen Mittelmeerinseln bildeten hohe Bergesgipfel mit alpiner Flora. Nach der Flutung überlebten diese Vergesellschaftungen zum Beispiel auf Sardinien und Korsika, während sie sich anderswo wieder in die Hochgebirge zurückzogen. Anscheinend erlaubte die Austrocknung auch die Wanderung vieler Tierarten aus Afrika nach Europa, wie Wildpferde und sogar Flusspferde, die sich dann zuweilen, wie die Ziegenartigen auf den Balearen (Myotragus balearicus), nach der Flutung zu Zwergformen weiterentwickelten. Hsü spekulierte sogar, ob die Versteppung großer Teile Afrikas, die man oft für das „Herabsteigen aus den Bäumen“ der frühen Hominiden verantwortlich macht, nicht ebenfalls von der Salinitätskrise bewirkt worden sein könnte.