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Entscheidendes Merkmal der ungeschlechtlichen Vermehrung ist es, dass die Nachkommen nicht aus Geschlechtszellen und ohne Rekombination entstehen. Bei der geschlechtlichen Fortpflanzung dagegen werden über die Meiose Geschlechtszellen mit reduzierten und rekombinierten Chromosomensätzen gebildet und die aus einer Befruchtung mit anschließender Karyogamie hervorgehenden Nachkommen haben Gene von beiden Elternteilen erhalten.

Nicht zur ungeschlechtlichen Vermehrung gehören die Selbstbefruchtung bei manchen Zwittern, insbesondere Pflanzen. Hierbei erhalten die Nachkommen ihre Gene zwar nur von einem Elter, aber dennoch rekombiniert. Die Parthenogenese (eingeschlechtliche Fortpflanzung) gehört je nach Subtyp entweder zur ungeschlechtlichen Fortpflanzung (siehe auch Apomixis) oder zur geschlechtlichen Fortpflanzung (Automixis).

Der Hauptvorteil der ungeschlechtlichen Vermehrung gegenüber der geschlechtlichen Fortpflanzung besteht darin, dass die Nachkommen weitestgehend genetisch identisch sind (nur intrachromosomale Rekombination). Vorteilhafte Genkombinationen oder solche, bei denen keine geregelte Meiose möglich ist (siehe Polyploidie), können so erhalten werden. Außerdem entfällt bei der ungeschlechtlichen Vermehrung, genau wie bei der Selbstbefruchtung, die mitunter zeitintensive und ressourcenverbrauchende Suche nach Sexualpartnern.

Der Nachteil der ungeschlechtlichen Vermehrung gegenüber der geschlechtlichen Fortpflanzung besteht ebenfalls darin, dass keine interchromosomale Rekombination stattfindet, also kein Austausch von Erbmaterial. Dies verhindert eine Neuentstehung von möglicherweise vorteilhaften Genkombinationen. Nur wenige Eukaryoten verzichten darum ganz auf geschlechtliche Fortpflanzung. Die Prokaryoten, die sich nur ungeschlechtlich vermehren können, haben das Problem der Rekombination anderweitig gelöst (siehe horizontaler Gentransfer).