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Laut Capra ist objektive Erkenntnis eine Fiktion, sodass naturwissenschaftlichen Theorien die Eigenschaft, Aufschlüsse über die Realität zu liefern, abgesprochen werden müsste.^[1]

Capra möchte die cartesianische Trennung von Geist und Körper überwinden und durch eine holistische Weltsicht ersetzen. Dabei wendet er sich kritisch gegen den mechanistisch-reduktionistischen Ansatz, der die westliche Wissenschaft seiner Ansicht nach heute beherrscht und durch analytisches Denken geprägt ist. In seine Weltanschauung bringt er Elemente der östlichen Philosophie ein, die auch die mystische, spirituelle Seite des menschlichen Lebens einbeziehen. Durch das Center for Ecoliteracy (Zentrum für ökologische Bildung) möchte er Kindern und interessierten Erwachsenen einen nachhaltigen Lebensstil vermitteln und ökologische Bildung an Schulen verankern.

In seinen neueren Werken kritisiert er auch den ungesunden, nicht nachhaltigen Lebensstil der westlichen Welt und zeigt umweltfreundliche Alternativen auf. Statt Beherrschung, Ausbeutung und Unterwerfung der Erde zielt Capra auf einen respektvollen Umgang mit Natur und Umwelt ab, auf eine ressourcenschonende Koexistenz von Menschen mit dem Ökosystem. Immer wieder warnt er vor Gefahren und Problemen, die sich aus neuen Wissenschafts- und Wirtschaftszweigen ergäben: Atomphysik, Gentechnik, industrialisierte Landwirtschaft, Biotechnologie etc., deren negative Folgen nach seiner Darstellung erst kommende Generationen erleiden werden. Ebenso wendet er sich gegen die uneingeschränkte Globalisierung auf Basis eines Markt-Fundamentalismus, die auf Kosten des Großteils der Weltbevölkerung die Gewinne einiger Konzerne maximierten.^[2] Als Ausweg sieht er eine gestärkte, demokratische UNO.

Capra wendet seine Theorien auf vielfältige Bereiche an, darunter auch auf große Organisationen. Ein Unternehmensklima, in dem sich die Lebendigkeit des Organismus ausdrücken könne, bleibe flexibel, effizient und kreativ. Informelle Netzwerke sind sehr wichtig, sie garantieren den nötigen Informationsaustausch. Er schlägt einen nicht hierarchischen, flexiblen Führungsstil mit starker Partizipation aller Beteiligten vor, um die Lebendigkeit des Organismus der Organisation zu erhalten. Störungen werden in einem lebenden Netzwerk absorbiert, wodurch sich das Netzwerk selbst verändert. Das mache den Unterschied zu deterministischen, steuerbaren Maschinen aus: lebende Organismen können nur gestört, aber nicht von außen geregelt werden. Die Veränderung von Organismen ist nicht vorhersagbar, sie sind in diesem Sinn autonom, indem sie auf Störungen auf die je ihnen eigene selbst-organisierende Art reagieren. 2004 fasst Capra dies in einem Interview folgendermaßen zusammen:

Dennoch betont er, ein Unternehmen sei nicht nur ein lebendiges Netzwerk, sondern gleichzeitig und aufeinander einwirkend auch eine konstruierte Organisation, so dass Führungsimpulse den positiven Wandel voranbringen können.^[3]