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Vor allem in den letzten Jahren hat in der Süßwasseraquaristik die gezielte Haltung von Wirbellosen zugenommen. In der Meerwasseraquaristik wird sie schon länger praktiziert.

Turmdeckel- und Posthornschnecken sind schon seit längerer Zeit in Aquarien zu finden. Insbesondere die grabenden Turmdeckelschnecken belüften den Bodengrund und verwerten organische Pflanzenstoffe. Obwohl sie damit ein gesundes Pflanzenwachstum sicherstellen, waren sie in der Aquaristik immer eher „Beitiere“. Der Handel bietet daneben immer mehr an auffallend gefärbten oder geformten Schnecken wie die unterschiedlichen Arten der Apfelschnecken oder die Zebrarennschnecke an. Wegen ihres hohen Stoffwechsels müssen sie bei der maximal im Aquarium haltbaren Tierzahl mit eingerechnet werden. Die Mindestkantenlänge für eine Apfelschnecke beträgt 60 cm.

Seit einigen Jahren werden auch vermehrt Süßwasser- und Felsengarnelen im Süßwasseraquarium gehalten. Ihre Popularität ist vor allem auf den japanischen Fotografen und Aquarianer Takashi Amano zurückzuführen, der in seinen Aquarien Yamatonuma-Garnelen zur Algenkontrolle einsetzte. Dies hat zu einer vermehrten Einführung anderer Garnelenarten geführt.

Im Handel angeboten werden außerdem einige Krebsarten. In der Süßwasseraquaristik sind es vor allem Flusskrebsarten, die zur Fauna Australiens oder Nordamerikas gehören. Diese in ihrem Habitus einem Hummer ähnlichen Krebsarten werden vorwiegend in Farmen für Speisezwecke gezüchtet. In den Zoofachhandel gelangen vor allem blau gefärbte Exemplare wie der Yabbi, der Marron und der Red Claw Hummer. Alle drei Arten benötigen sehr große Aquarien, können nur mit großen Fischen vergesellschaftet werden und vergreifen sich auch an den Aquarienpflanzen. Beliebt ist deshalb auch der im Vergleich dazu winzige Orange Zwergflusskrebs. Krabben dagegen werden selten in reinen Aquarien gepflegt; sie benötigen bis auf wenige Ausnahmen für ihr Wohlbefinden auch immer einen ausreichend großen Landteil und werden daher in Aquaterrarien gehalten.

Seltene Pfleglinge im Aquarium sind Amphibien. Zu den häufiger im Aquarium gepflegten Arten zählen Krallenfrösche, Zwergkrallenfrösche, der Japanische Feuerbauchmolch, der Axolotl sowie die Schwimmwühle.