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In der Bundesrepublik Deutschland geriet die Kirchensteuer 1973 infolge der „Freiburger Thesen“ Freie Kirche im Freien Staat des sogenannten „Kirchen-Papiers“ der FDP in die Diskussion, da von der Partei die Trennung von Staat und Kirche und damit die Ersetzung des staatlichen Kirchensteuereinzugs durch ein kircheneigenes Beitragssystem gefordert wurde. In abgeschwächter Form finden sich diese Forderungen noch heute im Programm der FDP. Ähnliche Positionen wurden früher von der Partei Die Grünen formuliert. Auch Die Linke lehnt sowohl die grundgesetzliche Verankerung der Kirchensteuer als auch deren staatlichen Einzug ab. Außerhalb der Politik vertreten unter anderem der Internationale Bund der Konfessionslosen und Atheisten e.V. (IBKA), die Humanistische Union sowie der Humanistische Verband Deutschlands eine Ablehnung der Kirchensteuer.

• Das Kirchensteuerprivileg widerspreche trotz seiner grundgesetzlichen Verankerung der ebenfalls grundgesetzlich festgelegten Trennung von Staat und Kirche, also der weltanschaulichen Neutralität des Staates.
• Das Hoheitsrecht der Kirchen, als Körperschaften des öffentlichen Rechts Steuern zu erheben, diskriminiere andere Religions- und Weltanschauungsgemeinschaften, die diesen Status entweder nicht erwerben können oder aus Glaubensgründen nicht erwerben wollen. Dieser Kritik entgegen steht allerdings, dass genannter Status grundsätzlich auch anderen Gemeinschaften offenstände.
• Die Anbindung der Kirchensteuer an die Lohn- und Einkommensteuer fordert von allen abhängig Beschäftigten, auf der Lohnsteuerkarte ihren Konfessionsstatus anzugeben. Darin wird ein Verstoß gegen die negative Religionsfreiheit gesehen.
• § 10 Abs. 1 Nr. 4 EStG gestattet die unbegrenzte steuerliche Absetzbarkeit der gezahlten Kirchensteuer als Sonderausgabe. Laut Subventionsbericht der Bundesregierung hat dies die „Begünstigung anerkannter Religionsgesellschaften und ihnen gleichgestellter Religionsgemeinschaften aus kirchenpolitischen und sozialpolitischen Erwägungen“ zum Ziel. Kirchensteuer erhebende Religionsgemeinschaften sollen, so die Kritik, durch diese Regelung gegenüber anderen gesellschaftlichen Gruppen mit grundgesetzlich verankerter Relevanz, zum Beispiel Parteien und Gewerkschaften, bevorzugt sein. Spenden und Mitgliedsbeiträge an diese Organisationen sind freilich bis zu einer Höhe von 20 % des Bruttojahreseinkommens mit gleicher Wirkung abzugsfähig und damit gleichsam subventioniert (siehe § 10b Abs. 1 EStG).
• Die Abzugsfähigkeit der Kirchensteuer und der dadurch verbundene Steuerverzicht des Staates stelle eine erhebliche Subvention der Kirchenmitglieder und damit mittelbar der Kirche dar, für 2007 zum Beispiel in Höhe von fast 33 % des Kirchensteueraufkommens.

• Die „fiktive“ Kirchensteuer: Bis zum Jahr 2004 wurde bei allen, auch den konfessionslosen Beziehern von Arbeitslosengeld, Arbeitslosenhilfe, des Vorruhestands- und Unterhaltsgeldes sowie des Kurzarbeiter- und Schlechtwettergeldes ein Abschlag in Höhe der „fiktiv“ anfallenden Kirchensteuer vom Arbeitslosengeld vorgenommen. Allerdings kam der Betrag den Kirchen nicht zugute. Die Kritik sah darin eine „Verquickung von Staat und Kirche“, denn die „einbehaltene Kirchensteuer“ wurde als „gewöhnlich anfallender Entgeltabzug“ bezeichnet. Erst mit der Neuregelung von ALG II ab 1. Januar 2005 ist diese Regelung entfallen.

In der Literatur wurden zuletzt neue Zweifel – nicht generell an der Kirchensteuer, sondern an einzelnen Erhebungsformen – aufgeworfen. Dies betrifft zum einen die Lohnkirchensteuer (Teil des Verfahrens ELStAM) und zum anderen die Kirchensteuer auf Abgeltungssteuer (KIStA). Der Vorwurf einer verfassungswidrigen Ausgestaltung der Verfahren, in deren Rahmen auch die Beteiligung des Bundeszentralamts für Steuern kritisiert wird, bleibt offen. Eine gerichtliche Klärung dazu steht noch aus.