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Tierausbildung und -training durch operante Konditionierung mit dem Klicker arbeitet möglichst straf- und zwangfrei. Trotzdem kann in Einzelfällen eine Strafe als Korrektiv erforderlich werden. Dabei ist der Begriff „Strafe“ im verhaltenswissenschaftlichen Sinne zu interpretieren und bedeutet nicht das Zufügen von Schmerzen, sondern beispielsweise den Entzug eines bisher bestehenden Vorteils (vgl. Verstärkung (Psychologie)).

Klickertraining ist generell nicht geeignet, einem Tier unerwünschtes Verhalten abzugewöhnen. Unerwünschtes Verhalten lässt sich nur durch „Löschung“ oder Aufbau eines Alternativverhaltens beseitigen. Unerwünschtes Verhalten kann aber auch mit einem Signal verknüpft werden, so dass das unerwünschte Verhalten nur noch auf ein Zeichen ausgeführt wird (putting an undesired behavior under a cue).

Tiere haben meistens eine niedrige Aufmerksamkeitsspanne von nur ca. zehn bis fünfzehn Minuten, länger sollten die Trainingseinheiten nicht sein. Die Überforderung setzt somit schnell ein.

Klickertraining ist eine wirkungsvolle Ausbildungsmethode, kann aber ohne Anleitung oder genaue Kenntnisse der dahinterstehenden verhaltenswissenschaftlichen Grundlagen zu Misserfolgen führen. Das ansonsten klare Signal könnte an Bedeutung verlieren, weil die Zuordnung für das Tier nicht mehr nachvollziehbar ist (Klickern zum falschen Zeitpunkt, zu spät usw.).

Hunde, die sich sehr an ihren Menschen orientieren und mit dem Klickertraining sehr vertraut sind, sind während des Trainings oft hoch motiviert, gelegentlich fordern sie ihre Bestärkung (welche aus Klick und Belohnung besteht) durch unerwünschtes Bellen oder Zeigen von bereits erlernten Verhaltensweisen, die der Trainer in diesem Moment nicht sehen möchte, ein.

Forschungen bei Yucatan Miniatur Schweinen (Sus scrofa domesticus) legen nahe, dass bei reinem Clickertraining die Fähigkeiten der Tiere kognitive Prozesse zu nutzen eingeschränkt sind.^[1]

Im Vergleich von Klicker + Lebensmittel Testgruppen zu reinen Lebensmittel Testgruppen zur Verhaltensbeeinflussung, konnte nur in einer von fünf Studien ein schnelleres Lernverhalten durch Klicker nachgewiesen werden.^[2]