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Anatomisch können uterine (primär in der Gebärmutter gelegene) und extrauterine Auslöser unterschieden werden.

Zu den uterinen zählen unter anderen Fehlbildungen (Doppelbildung), Tumoren (vor allem Myome, liegen in der Muskelwand), Entzündungen (Endometritis der Gebärmutterschleimhaut), intrauterine Verklebungen oder Verwachsungen (Synechien) und Schwäche des Gebärmutterhalses (Zervixinsuffizienz inkl. sog. Bindegewebsschwäche).

Hintergründe sind vielfältig, verschieden und ihrerseits aus praktischen Gründen funktionell einteilbar. Sie können beispielsweise bereits vor der Geburt der Frau vorliegen, hormonell, infektiös, durch Verletzungen oder andere Schadwirkungen bedingt sein.

Hypermotilität der Gebärmutter ist definitionsgemäß eine funktionelle Störung dieses Organs, zur Fehlgeburt führende Wehentätigkeit ein Effekt (während der Frühschwangerschaft oft unterhalb der Empfindungsschwelle). Fieber kann dabei ein auslösender Faktor sein (prinzipiell ähnliche Wirkungen werden für die wärmeerzeugende Bestrahlung mit Kurzwellen diskutiert). Zentralnervöse Faktoren können vegetativ oder endokrin (Hormon Oxytocin) vermittelt werden. Hier sind vielfältige bio-psycho-sozio-kulturelle Zusammenhänge zu betonen; ein Stichwort ist Stress. (Allgemein nachvollziehbare Hintergründe könnten Krieg, Flucht oder Trennung sein; Beispiele für medizinische Erklärungsansätze sind Vegetative Dystonie, Somatoforme Störung und Konversion.)

Extrauterin gelegene innere Geschlechtsorgane sind die Eierstöcke. Nach einem Eisprung bildet sich dort ein Gelbkörper, dessen andauernde hormonproduzierende Aktivität wesentlich für den Unterhalt der frühen Schwangerschaft ist. Insuffizienz des Gelbkörpers bedingt eine endokrine Störung, kann aber zugleich auch Folge einer endokrinen Insuffizienz der Fetoplazentaren Einheit sein. Fruchtabgang erfolgt in der Regel mit der Abstoßung der Gebärmutterschleimhaut.

Auch Allgemeinerkrankungen und Krankheiten anderer Organe können zu Fehlgeburten führen. Beispiele wären systemische endokrine Störungen (Diabetes mellitus, Schilddrüsenfehlfunktion), akute und chronische virale, bakterielle und parasitäre Infektionskrankheiten (infektiöse oder toxische Fruchtschädigung inkl. teratogenen Effekten von Impfungen hat ihre Auswirkungen im fetoplazentaren Bereich), Elektrolytstörungen (etwa als Folge von Nierenkrankheiten), Anämien (beispielsweise Vitamin-B₁₂-Mangel, Perniziöse Anämie^[1]) oder Epilepsien. Auch sog. konsumierende Erkrankungen (schwere Formen von Krebserkrankungen, AIDS-assoziierten Erkrankungen, autoimmunen Erkrankungen, Tuberkulose etc.) und Mangelerkrankungen können hier zugeordnet werden.

Riss der Fruchtblase wie Einsatz von Wehen kann auch durch körperliche Belastung ausgelöst werden (u. U. gewisse Sportarten^[2]), primär Wehen auch durch Medikamente und andere Drogen.

Nicht fetoplazentaren Faktoren zuzuordnen sind auch Folgen mechanischer Einwirkungen von außen, die zu einem Abbruch der Schwangerschaft führen. Unbeabsichtigt künstlich hervorgerufene iatrogene Aborte können beispielsweise im Rahmen der Pränataldiagnostik mittels Amniozentese, Chorionzottenbiopsie oder Nabelschnurpunktion auftreten. Traumatische Folgen können auch durch Unfälle oder kriminelle Körperverletzungsdelikte entstehen.

2005 veröffentlichte Studien deuten auf einen Zusammenhang zwischen dem Alter des Mannes und der Wahrscheinlichkeit einer Fehlgeburt. Das Risiko einer Fehlgeburt in einer großangelegten Studie war durchschnittlich 16,7 % bei Männern zwischen 30 und 34 Jahren. Diese Rate stieg auf 19,5 % bei Männern zwischen 35 und 39 und auf 33 % bei Männern, die 40 oder älter waren. Auch die Wahrscheinlichkeit eines Kindes zum Beispiel mit Down-Syndrom steigt mit zunehmendem Alter des Mannes an. Die Schwangerschaftsraten nahmen – unabhängig vom Alter der Partnerinnen – mit zunehmendem Alter des Mannes ab.^[3][4] Eine 2021 veröffentlichter Studie zufolge, ist das Risiko einer Fehlgeburt bei Frauen im Alter von 20 bis 29 Jahren mit 12 % am niedrigsten und steigt bei Frauen ab 45 Jahren auf 65 %.^[5]