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Beim Scheitern der Expedition hat offenbar eine Vielzahl von Ursachen zusammengewirkt. Ein Grund könnten die Konservendosen sein, die mit Blei verlötet waren. An Bleivergiftung als eine der Ursachen für die Schwächung der Expeditionsteilnehmer glaubte zunächst nach eingehender Untersuchung von drei gut erhaltenen Leichen auf der Beechey-Insel und weiteren Knochenfunden auf der King-William-Insel der kanadische Wissenschaftler Owen Beattie 1986, bis Untersuchungen kanadischer Physiker 2013 diese Todesursache wieder in Frage stellten.^[1] Konservierte Lebensmittel waren in erster Linie vorgesehen, um die Vitamin-C-Mangelerkrankung Skorbut zu verhindern. Zur Vorbeugung waren auch mehr als vier Tonnen Zitronensaft mitgenommen worden, doch wusste man damals noch recht wenig über dessen Haltbarkeit.

Zu den katastrophalen Auswirkungen von extremer Kälte, Hunger, Skorbut und möglicherweise Bleivergiftung kamen vermutlich Krankheiten wie Tuberkulose und Lungenentzündung. Die von Scott Cookman in dessen Dokumentation Ice Blink – The fate of Franklin’s last expedition aufgestellte These, in der Nahrung sei wegen der mangelhaften Herstellung der Konserven tödliches Botulinumtoxin entstanden, wurde näher untersucht,^[2] hat sich jedoch nicht durchgesetzt.

Beanstandet wird die mangelhafte Ausstattung, etwa das Fehlen von Schutzbrillen gegen Schneeblindheit, aber auch das konnte durch Funde widerlegt werden.^[3][4] Auch die These, dass es den Mitgliedern der Expedition an Ausrüstung und Kenntnissen fehlte, um unabhängig von den Vorräten an Bord überleben zu können, etwa durch die Jagd auf Karibus oder Robben, gilt als widerlegt. Francis Crozier hatte bereits mit der Ross Expedition zum Südpol vier Jahre in der unwirtlichen Polregion verbracht. Der Bordarzt Alexander McDonald hatte mehrere Jahre in der Walfangindustrie verbracht und sprach fließend Inuktitut. Die Expedition galt als eine der am besten ausgerüsteten ihrer Zeit.

Es fehlten auch Schlitten, mit denen die Teilnehmer im Notfall größere Strecken über Land hätten überwinden können; die viel zu schweren und unhandlichen Beiboote waren dafür völlig ungeeignet.

Es kam zwar während der Wintermonate zu Begegnungen der Expeditionsteilnehmer mit Inuit, jedoch baten sie diese nicht um Hilfe, und dies auch dann nicht, als ihre Lage sich zu einer Notlage entwickelte.

Verhängnisvoll war zudem, dass es noch drei Jahre nach Beginn der Expedition (bis 1848) keinerlei Pläne für eine eventuell notwendige Rettung von Mannschaften und Schiffen gab. Ein weiterer Fehler war das Versäumnis, an so vielen Stellen wie möglich Nachrichten zum bisherigen und weiteren geplanten Verlauf der Expedition zu deponieren, was die Aussichten von Rettungsaktionen erheblich einschränkte.