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Die ICSI-Methode wird aufgrund unterschiedlicher Standpunkte diskutiert. Der häufigste Diskussionspunkt ist, dass durch den direkten Eingriff in die Natur die komplizierten Wechselbeziehungen und die biologische Selektion zwischen Spermium und Eizelle außer Kraft gesetzt wird (so zum Beispiel die Vermeidung der Entwicklung von Embryonen mit Erbkrankheiten). Eine erhöhte Rate von schwerwiegenden Fehlbildungen konnte bisher nicht abschließend bewiesen werden. Ebenso wenig konnte eine erhöhte Inzidenz von – vergleichsweise seltenen – Syndromen, wie z. B. Angelman-Syndrom und Prader-Willi-Syndrom nachgewiesen werden, was teilweise an der fehlenden Informationen zu möglichen Selektionsmaßnahmen vor der Zeugung (und während der Schwangerschaft) liegt.^[1]

Es gibt Empfehlungen der Ethikkommission, das Embryonenschutzgesetz von 1990 an die neuen Techniken anzupassen. Gängige Praxis ist es derzeit, der Frau nach einer Hormonstimulation mehrere Eizellen zu entnehmen und mit den Spermien des Mannes zu befruchten. Da derzeit, im Gegensatz zu anderen Ländern, in Deutschland keine Auswahl der befruchteten Eizellen nach ihrer Entwicklung zum Embryo erfolgen darf, werden dann nach meist nur 3 Tagen bis zu drei Embryonen in die Gebärmutter eingesetzt, der Rest der befruchteten Eizellen wird für spätere Versuche eingefroren oder verworfen. Problematisch ist hierbei, dass nach 3 Tagen in den meisten Fällen noch keine sog. Blastozyste entstanden ist, von der man sich eine bessere Chance auf eine Einnistung erhofft; dieses Stadium wird erst nach ca. 5 Tagen erreicht.

Laut einer Pressemeldung der European Society of Human Reproduction and Embryology (ESHRE) vom Juli 2008 wird die ICSI in Europa zu häufig angewendet. Bei Paaren ohne stark ausgeprägte männliche Infertilität verspricht die ICSI keine besseren Chancen auf eine Schwangerschaft als die In-vitro-Fertilisation (IVF). Zudem ist die ICSI komplizierter und teurer. In Deutschland müssen die Krankenkassen die Kosten für eine künstliche Befruchtung mittels ICSI nur tragen, wenn bestimmte festgelegte Grenzwerte erfüllt werden.^[2]