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Multiresistenz von Bakterien gegen Antibiotika stellt in der Medizin ein immer größer werdendes Problem dar. Dabei gibt es verschiedene Ursachen, die zu einer Zunahme der Multiresistenz führen:

1. Unzuverlässige Medikamenteneinnahme (Compliance) des Patienten: Bei Unterdosierung oder vorzeitiger Beendigung der Behandlung werden die Erreger nur teilweise abgetötet. Die überlebenden Bakterien oder Viren sind oft diejenigen mit einer erhöhten natürlichen Resistenz. Deren Erbanlagen werden an künftige Generationen weitergegeben, so dass beim nächsten Einsatz des gleichen Medikamentes kein Erfolg mehr erzielt wird. Nicht die Person, sondern der Krankheitserreger wird gegen das Antibiotikum resistent. Wird die Einnahme eines Antibiotikums vorzeitig abgebrochen, haben die überlebenden resistenteren Erreger keine Konkurrenz mehr. Eine unvollständige Einnahme bewirkt somit eine Selektion, wodurch resistentere Keime, die die vorgeschriebene Dosierung nicht überlebt hätten, sich nun ungehindert vermehren und einen neuen resistenten Stamm bilden können. Bei dieser Art von Behandlungsfehler ist ein Rückfall zu erwarten. Außerdem können die resistenten Erreger auf andere Menschen übertragen werden. Multiresistente Erreger entstehen, wenn sich Vorgänge, die zur Resistenzbildung führen, in Anwesenheit noch weiterer Antibiotika wiederholen.
2. Häufiger, oft unnötiger Einsatz von Antibiotika: Es werden Antibiotika bei viralen Infekten verschrieben, obwohl sie hier gar nicht helfen. Dadurch kommt es zu einem häufigeren Kontakt von möglichen Krankheitserregern mit dem eingenommenen Antibiotikum. Durch natürliche Mutationen zufällig gegen das eingesetzte Antibiotikum resistente Bakterien können sich nun gegenüber den nicht-resistenten Bakterienstämmen besser behaupten und schneller vermehren. Aus solchen resistenten Stämmen können sich durch Mutation virulente Erreger entwickeln, die in die Umwelt gelangen bzw. auf andere Menschen übertragen werden.
3. Einsatz von Antibiotika in der Lebensmittelindustrie:In der Intensivtierhaltung werden häufig Antibiotika dem Tierfutter beigemischt, um den Ertrag zu steigern. Viele dieser Antibiotika sind verwandt oder identisch mit den in der Humanmedizin verwendeten. Dadurch, dass sie vom Menschen beim Verzehr des Fleisches in geringen und somit die Selektion fördernden Mengen aufgenommen werden, können sich wiederum resistente Bakterienstämme entwickeln, die auch Probleme in der Humanmedizin verursachen können.
4. Nicht testgerechter oder indikationsgerechter Einsatz von Antibiotika:Es werden oft hochwirksame, so genannte Breitspektrumantibiotika bei bakteriellen Infekten eingesetzt, bei denen z. B. Penicillin noch ausreichend wirksam wäre. Durch diesen breiten Einsatz hochwirksamer Antibiotika wird wiederum die Selektion von multiresistenten Bakterien gefördert. Im Ernstfall ist dann möglicherweise später dieses hochwirksame Medikament nicht mehr wirksam.
5. Antibiotika und bereits resistente Keime in Abwässern von Kommunen, Krankenhäusern und Mastbetrieben. So gelangen einerseits resistente Keime in die Umwelt und zum anderen geschieht eine Exposition der Stämme in der Umwelt durch Antibiotika und deren Anpassung daran.^[1]
6. Sonderfall HIV-Therapie:Da eine Heilung bei einer HIV-Infektion noch nicht möglich ist, ist bisher eine lebenslange Therapie mit Virostatika notwendig. Schon früh hat man entdeckt, dass eine so genannte Monotherapie mit nur einem Medikament nicht lange wirksam ist. Das HI-Virus ist sehr rasch in der Lage, resistent gegen das Medikament zu werden. Deshalb wird von Beginn an eine Mehrfachkombination gegeben, damit wird die Wahrscheinlichkeit einer Resistenzentwicklung gemindert. Trotzdem kommt es während der Therapie oft zur Entwicklung einer Mehrfachresistenz. Es werden deshalb ständig neue Medikamente entwickelt.