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Untersuchungen von Fischen auf Krankheiten werden üblicherweise in Zellkulturen nachgewiesen. Beim Koi-Herpesvirus ist diese Methode nur bedingt einsetzbar. Unterschiedliche Merkmale sowie die Wandlungsfähigkeit des Virus führen trotz genau definierter Zelllinien zu ungenauen oder falschen Ergebnissen. Die Polymerasekettenreaktion (PCR) besitzt eine größere Empfindlichkeit. Hierzu werden Bruchstücke des Virusgenoms molekularbiologisch im Test nachgewiesen. Die Kombination dieser Untersuchung mit der klinischen Begutachtung lässt eine Aussage über ein mögliches Vorhandensein des Virus zu. Bei einem negativen Ergebnis bietet aber auch diese Methode keine 100%ige Sicherheit.

Ein weiteres Nachweisverfahren ist der sogenannte LAMP-Test (Loop-mediated Isothermal Amplification). LAMP funktioniert, vereinfacht ausgedrückt, nach dem Prinzip, das mittels eines Primers gezielt nach Teilen des CyHv-3-Gens gesucht wird. Durch ein farblich dargestelltes Ergebnis, welches unter Zugabe einer Reagenz einen Farbumschlag hervorruft, lässt sich dann das Ergebnis sehr leicht ablesen. Grün bedeutet, eine LAMP Reaktion liegt vor, Orange bedeutet die Probe zeigt keine Infektion mit KHV. Durch die geringe Diagnosedauer, weniger als zwei Stunden, bietet sich das LAMP Verfahren für eine schnelle Diagnose des KHV geradezu an. Trotz der geringen Diagnosezeit ist die LAMP basierende Diagnose ebenso zuverlässig als die weit aufwändigere PCR-Analyse. LAMP ist jedoch ein nicht leicht durchzuführender Test, da man auch hier eine gewisse Laborerfahrung benötigt. Er ist allerdings, im Gegensatz zum etablierten PCR, für den Einsatz „vor Ort“ geeignet. Im Gegensatz zur PCR, die nur in speziellen Labors durchgeführt werden kann, kann die LAMP-Methode in privaten Kliniken und Tierarztpraxen zur Diagnose des Koi-Herpes-Virus verwendet werden.

Da der negative Nachweis eine Infektion nicht ausschließt, sollte bei toten Tieren eine Organprobe aus Kiemen, Leber, Nieren, der Milz und dem Gehirn entnommen werden und diese, nach den Anforderungen des Testlabors, zur Untersuchung gelangen.