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Nach der Promotion war Veith lange Zeit außerordentlicher Professor an der Universität Stellenbosch und hielt bis 1987 Vorlesungen in Zoologie. Anfang der 1980er-Jahre fand er, mittlerweile verheiratet, zum katholischen Glauben zurück, als sein kleiner Sohn ernstlich erkrankte und diese Erkrankung überlebte.^[1]

Wenige Jahre später führten innere Zweifel am Katholizismus und ein Handwerker, der seine Küche renovierte, ihn und seine Frau zum adventistischen Glauben.^[2] In seinen ersten Vorlesungen als außerordentlicher Professor hatte er eine Studentin noch widerlegt, als sie die Evolutionstheorie eine Lüge nannte und stattdessen die biblische Schöpfungsgeschichte als wahr darstellte. Sein neuer Glaube und eigene Bibelstudien ließen ihn diese Haltung nunmehr selbst einnehmen und brachten ihn in Konflikt mit seinem Lehrauftrag. Seine wissenschaftliche Reputation sank. Er musste die Universität Stellenbosch verlassen, als er Vorlesungen über die vorgeblichen wissenschaftlichen Beweise für die biblische Schöpfungsgeschichte hielt.^[3]

Walter Veith verkaufte sein Haus in Stellenbosch und erwarb einen Weizen- und Milchhof, stand jedoch 1988 infolge einer Missernte vor dem wirtschaftlichen Aus. Im selben Jahr nahm er eine Stelle als außerordentlicher Professor an der Universität des Westkaps in Zoologie an. Seine ernsthaften Bedenken in Bezug auf die Evolutionstheorie wurden mit dem Hinweis ausgeräumt, dass er lediglich wissenschaftlich zu arbeiten brauche.

Die vorübergehende Schließung der Universität aufgrund von Rassenunruhen nutzte Veith, um in Kalifornien Ariel Roth zu besuchen, der am kreationistischen Geoscience Research Institute in Loma Linda nach geowissenschaftlichen Beweisen für die biblische Schöpfungsgeschichte forschte. Dieser Besuch veranlasste ihn, eine eigene Vorlesungsreihe zur biblischen Schöpfungsgeschichte zu entwickeln.

Im folgenden Jahr erhielt Veith einen Einjahresvertrag an der Universität in Kapstadt. Seine Vorlesungsreihe führte dazu, dass sein Vertrag nicht verlängert wurde und er lediglich ohne Lehrtätigkeit an der Universität des Westkaps angestellt wurde.

In dieser Zeit ohne Lehrtätigkeit begann Veith, Vortragsreihen außerhalb der Universität zu halten.^[4] Die Vorträge führten ihn anfangs zu überwiegend adventistischen Gemeinden in die Vereinigten Staaten, nach Kanada, Australien und Europa. In seinen Vorträgen zum Thema Ernährung vermittelte er adventistische Werte wie Vegetarismus und Fasten. Sein erstes Buch erschien 1993 unter dem Titel Diet and Health. Mittlerweile hielt Walter Veith seiner religiösen Überzeugung nach selbst den Sabbat, der für Adventisten gemäß dem biblischen Verständnis von Freitag- bis Samstagabend gilt.

1995 wurde er nach fünf Jahren ordentlicher Professor mit Lehrauftrag und gleichzeitig Leiter des Fachbereichs für Zoologie, der sich inhaltlich auch mit der Evolutionstheorie beschäftigte. Seine Position nutzte er unter anderem, um die biblische Schöpfungsgeschichte aus seiner Sicht zu untermauern und die Evolutionstheorie zu widerlegen. Einen Mitstreiter fand er in seinem Kollegen Quincy Johnson. 1997 veröffentlichte er dazu seine Ergebnisse im Buch The Genesis Conflict.

Seine Vortragsreihen behandelten neben der Ernährung auch die biblische Schöpfungsgeschichte als einzige Erklärung für das Entstehen des Lebens, so auch in Vorlesungen an der Universität des Westkaps. 1998 legte Veith seine Lehrtätigkeit vorübergehend nieder.^[5]

Nach schweren Konflikten innerhalb ihres Fachbereiches Zoologie an der Universität des Westkaps, in dessen Fokus Walter Veith und Kollege Quincy Johnson standen, verließen diese den Fachbereich. Johnson wechselte in den Fachbereich Mikrobiologie, während Veith fortan den Fachbereich Physiologie lehrte, wo er bis 2003 tätig war.^[6] Mit dem Wechsel wurde ihnen die Lehrbefugnis für die Zoologie entzogen. Seit dem Ende seiner Tätigkeit in der Physiologie widmet sich Veith seinen Vortragsveranstaltungen.