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Eine Hypothese (von altgriechisch ὑπόθεσις hypóthesis → spätlateinisch hypothesis, wörtlich ‚Unterstellung‘) im wissenschaftlichen Sinn ist eine auf dem Stand der Wissenschaft gründende Annahme, die zwar geeignet ist, bestimmte Erscheinungen zu erklären, deren Gültigkeit aber nicht oder noch nicht bewiesen bzw. verifiziert ist. Die Hypothese muss anhand ihrer Folgerungen überprüfbar sein; wird sie überprüft, ist sie dadurch dann je nach Ergebnis entweder bewiesen bzw. verifiziert oder aber widerlegt bzw. falsifiziert. In der Umgangssprache bezeichnet Hypothese, oder schwächer Arbeitshypothese, auch jede vorläufige Annahme, die der weiteren Arbeit zugrunde gelegt wird.

Bei der Formulierung einer Hypothese ist es üblich, die Bedingungen anzugeben, unter denen sie gültig sein soll: Das geschieht bei eindeutigen logischen Beziehungen in der Form

In positivistischen wissenschaftstheoretischen Strömungen ist die Hypothese, wenn sie durch verifizierende Beobachtungen erhärtet werden kann, die Vorstufe zu einer Theorie. Voraussetzung ist, dass es niemandem gelingt, die Hypothese eindeutig zu widerlegen. Hierbei bezeichnet der Ausdruck „Theorie“ in der Wissenschaftssprache, wieder im Unterschied zum allgemeinen Sprachgebrauch, eine Gruppe aufeinander bezogener logischer Aussagen, die zumindest teilweise durch Empirie bestätigt sind (z. B. die Relativitätstheorie oder die Evolutionstheorie). Eine Behauptung oder ein Leitsatz (Beobachtungssatz), der durch wissenschaftliche Beweisführung bewiesen oder widerlegt werden soll, wird als These bezeichnet (Bsp.: „Wirtschaften an sich ist frei von moralischem Gehalt“).

Kritisch-rationale Ansätze vertreten demgegenüber die Auffassung, Theorie, Spekulation und Hypothese seien gleichwertig, da theoretische Aussagen grundsätzlich nicht verifiziert, sondern lediglich falsifiziert werden könnten.