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Die DRG werden mit Hilfe eines vom Institut für das Entgeltsystem (InEK) im Krankenhaus zertifizierten Computerprogramms („Grouper“) aus den Diagnose- und Prozedurenkatalogen (ICD-10-GM und OPS) sowie zusätzlichen fallbezogenen Variablen (z. B. Alter des Patienten, Verweildauer, Zahl der Stunden maschineller Beatmung usw.) generiert. Dabei sind die Ein- und Ausschlusskriterien der individuellen ICD- und OPS-Kodes sowie die Deutschen Kodierrichtlinien (DKR) der InEK GmbH zu beachten.

• Der mit der Kodierung und der Überprüfung verbundene Aufwand ist nicht unerheblich.
• Es entsteht keine einheitliche Systematik für die Vorschläge einer Kodierung unmittelbar nach der Aufnahmediagnose, diese wird lediglich durch betriebswirtschaftliche Aufzeichnungen ergänzt.
• Auf der Basis klinischer Pfade, operationeller Prozeduren und medizinisch orientierter Klassifikationen ist eine eindeutige (subjektive) Zuordnung jederzeit möglich.

Bei einer schlechten Kodierqualität werden nicht alle erforderlichen Informationen des Falls zur Kodierung verwendet, so dass nicht das optimale und für den Fall richtige Relativgewicht erreicht wird. Andererseits kann auch die Eingabe von überflüssigen und nicht den DKR entsprechenden Diagnosen und Prozeduren zu einem zu hohen Relativgewicht führen.

Das System ist vor allem im Bereich der Inneren Medizin mit alten und multimorbiden Patienten (d. h. Patienten mit mehreren Erkrankungen) nicht geeignet, eine durchgängig nachvollziehbare Abbildung zu gewährleisten. Dazu tragen auch viele Inkonsistenzen im ICD-10 bei. Untersuchungen in mehreren deutschen Kliniken haben gezeigt, dass die Quote von unterschiedlichen Kodierungen bei gleichen Informationen über ein Krankheitsbild erheblich ist; bis zu 40 % der Kodierungen weichen teilweise erheblich voneinander ab.

Die vielfach nicht zeitnah durchgeführte Kodierung und das Verschlüsseln durch spezialisiertes, aber medizinisch nicht ausgebildetes Personal, macht den Vorgang der Kodierung ungeachtet formaler Güte zum Ziel abrechnungstechnischer Optimierung.

Erkennbar liefert die Kodierung zunächst keine sachlich revisionsfeste Abrechnungsgrundlage. Das wird erkennbar an der Vielzahl der Rückläufe vom Medizinischen Dienst der Krankenkassen an abrechnende Kliniken. Statistiken über diese Rücklaufquote werden nicht publiziert.

Die DRG bilden insbesondere in bestimmten Bereichen (Unfallchirurgie, Kinderheilkunde, Palliativmedizin u. a.) die tatsächliche Behandlung noch nicht differenziert genug ab, so dass die resultierende Vergütung nicht aufwandsgerecht ist.

Zunehmend mit jeder neuen DRG-Version werden DRG nicht nach der zugrunde liegenden Diagnose, sondern lediglich nach der durchgeführten Prozedur (dem Haupteingriff) definiert. Damit entsteht ein Anreiz, aufwändige Prozeduren durchzuführen und abzurechnen, ungeachtet dessen, ob der betreffende Patient diesen Eingriff benötigte. Das australische System hat durch seine Schweregradgliederung hiergegen ein taugliches Instrumentarium geboten; diese Vorteile werden jedoch zunehmend weniger genutzt.