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Die Beschreibung der Natur machte große Fortschritte, maßgeblich beeinflusst durch die Arbeiten der Enzyklopädisten und von Philipp Franz von Siebold, einem deutschen Arzt, der auf Dejima im Dienst der Niederländer stand. Itō Keisuke schrieb zahlreiche Bücher mit Beschreibungen von Tierarten der japanischen Inseln, mit Zeichnungen von beinahe fotografischer Qualität. Ebenfalls auf großes Interesse stieß die Insektenkunde, nachdem sich die Verwendung von Mikroskopen durchgesetzt hatte.

Gelegentlich kam es auch zu westlicher Übernahme japanischer Forschungen, etwa im Fall der Seidenraupenzucht. Von Siebold brachte die von Uegaki Morikuni 1802 publizierte „Geheime Abhandlung über die Seidenraupen“ (養蚕秘録, Yosan hiroku) nach Europa, wo sie von dem Japanologen J. Hoffmann ins Französische (Yo-san-fi-rok – l’art d’elever les vers a soie au Japon, 1848) und später auch ins Italienische übersetzt wurde. Während Japan im 17. Jahrhundert große Mengen an Rohseide und Seidenstoffen einführen musste, entwickelte es sich im 19. Jahrhundert zum zeitweilig weltgrößten Seidenexporteur.

Seit alters her führte man zahlreiche Pflanzen aus Asien ein. Über die Portugiesen kamen dann auch amerikanische Pflanzen wie der Tabak und die Kartoffeln ins Land. Die Lieferungen von Samen und Setzlingen wurden auch im Zeitalter des japanisch-niederländischen Austausches fortgesetzt. So führte man unter anderem den Weißkohl und die Tomate ein.

Der japanische Feld- und Gartenbau hatte jedoch ein auch in Europa nicht zu übertreffendes Niveau erreicht. Der Reichtum der japanischen Zierpflanzenzucht wurde bereits von Reisenden wie Andreas Cleyer, Georg Meister und Engelbert Kaempfer beschrieben. Besonders nach der Öffnung des Landes eilten westliche Pflanzenjäger nach Japan und brachten vielerlei Gewächse nach Europa und Amerika (Ginkgo, Hortensien, Magnolien, Fächerahorne, Biwa, Kaki, Kinkan, Kamelie, Strauchpäonien, Jungfernreben, Glyzinien usw.).