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Pendl war nach Besuch des Realgymnasium Linz zunächst als Drogist im pharmazeutischen Großhandel beschäftigt, holte nebenher nach Besuch der Arbeitermittelschule 1958 die Matura nach und begann das Studium der Medizin an der Universität Wien. Als Schüler wurde er Mitglied der Pennalen Burschenschaft Quercus-Markomannia Linz.^[1] Während seines Studiums wurde er Mitglied der Akademischen Burschenschaft Oberösterreicher Germanen in Wien.^[2] 1964 erfolgte die Promotion zum Dr. med. univ.

Nach kurzer Tätigkeit am Allgemeinen Krankenhaus Linz setzte Pendl seine medizinische Laufbahn als Assistent an der Neurochirurgischen Uni-Klinik Wien fort. In den Jahren 1972 bis 1976 war Pendl unter H.-P. Jensen Oberarzt an der Neurochirurgischen Universitätsklinik in Kiel. Später folgte die Position als Chefarzt an der Neurochirurgischen Abteilung an der Ostseeklinik Damp/Schleswig-Holstein, die Pendl eingerichtet hatte.

1978 kehrte Pendl als 1. Oberarzt an die Universität Wien zurück, wo er sich 1980 habilitierte und 1987 zum außerordentlichen Universitätsprofessor ernannt wurde.

Ab April 1990 war Pendl an der Universität Graz als ordentlicher Universitätsprofessor für Neurochirurgie tätig und bis zu seiner Emeritierung im Jahre 2002 Leiter der Universitätsklinik für Neurochirurgie. Aufgrund seiner Leistungen übernahm die Grazer Uni-Klinik 1992 in Österreich die Vorreiterrolle am Sektor Gamma-Knife. Seit der Inbetriebnahme eines der teuersten medizinischen Geräte in Österreich sorgte die Gamma-Knife-Methode für Aufmerksamkeit.

An der Universität Wien war Pendl u. a. Dekan (1997–1999) sowie Vizedekan (1999–2002) der Medizinischen Fakultät. 2003 bis 2006 war er Mitglied des Universitätsrates der durch Ausgliederung der Medizinischen Fakultät neu geschaffenen Medizinischen Universität Wien.

Pendl verfasste ca. 300 wissenschaftlichen Publikationen.