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In Seite ISO 9660:

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Das ISO-Format weist eine Beschränkung hinsichtlich der Anzahl der möglichen Verzeichnisse auf. Jede ISO-Verzeichnisstruktur basiert auf einer Pfadtabelle, der sogenannten „path table“. Diese tabelliert zu jedem Ordner eine Identifikationsnummer. Diese Nummer bezieht sich jeweils auf das dem Ordner übergeordnete Stammverzeichnis. Sie weist also jedem Ordner die Identifikationsnummer des übergeordneten Ordners zu. Bei dieser Identifikationsnummer handelt es sich um eine 16-Bit-Nummer, demnach ist die Anzahl der Werte auf 65536 begrenzt. Hierdurch kann die Anzahl der möglichen Verzeichnisse je nach Struktur (Art der Schachtelung) begrenzt werden. Die in der Praxis mögliche Gesamtanzahl von Verzeichnissen lässt sich nicht angeben, da nur die Anzahl der übergeordneten Stammverzeichnisse auf 65536 begrenzt ist. Da die meisten Betriebssysteme die Pfadtabelle nicht auswerten, bietet das Programm mkisofs seit Juli 2007 die Option -no-limit-pathtables, um auch bei Überschreiten der Grenze ein Dateisystem erzeugen zu können.

Einige Betriebssysteme – wie etwa Windows – greifen auf diese Pfadtabelle zurück, andere – wie etwa Linux – verwenden die Tabelle nicht. Unter Windows kann es daher zu Problemen kommen, wenn eine CD mehr als 65.536 Verzeichnisse enthält. Während dieselbe CD in Linux lesbar ist, werden unter Windows zwar alle Dateien auf der CD angezeigt, jedoch als leer („zero length“) wiedergegeben. Somit scheint zunächst eine fehlerfreie CD entstanden zu sein, die sich erst bei Prüfung einzelner Dateien als fehlerhaft erweist.

Viele CD-Schreibprogramme wie Nero Burning ROM und Pinnacle Instant CD/DVD weisen auf diese Problematik nicht hin. Somit kommt es durch den Brennvorgang zu einer scheinbar fehlerfreien CD, die tatsächlich (unter Windows) jedoch nicht brauchbar ist.