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En la página Rootkit:

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Hay limitaciones inherentes a cualquier programa que intente detectar rootkits mientras se estén ejecutando en el sistema sospechoso. Los rootkits son aplicaciones que modifican muchas de las herramientas y librerías de las cuales depende el sistema. Algunos rootkits modifican el propio núcleo (a través de módulos y otros métodos como se indica más arriba).[cita requerida] El principal problema de la detección de rootkits consiste en que el sistema operativo en ejecución no es fiable globalmente.[cita requerida] En otras palabras, algunas acciones como pedir la lista de los procesos en ejecución o listar los ficheros de un directorio no son fiables al no comportarse como deberían.