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Par exemple, une séquence régulatrice peut être fonctionnellement couplée à un gène codant distant, via l’action d’un facteur de transcription. Le génome doit donc être compris non comme une simple donnée (où chaque bit serait indépendant), mais comme un programme[réf. nécessaire], où les nucléotides sont reliés entre eux par des relations invisibles mais essentielles.