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A maior dificuldade hoje em analisar o DNA dos ameríndios é que muitos povos, por mais isolados que aparentem estar atualmente, durante os séculos da colônia, foram, muitas vezes, contatados por expedições de bandeiras espanholas, portuguesas e de colonos independentes que levavam, às vezes, escravos, a exemplo de um pequeno quilombo no Mato Grosso da época da mineração, o que indica que os luso-paulistas bandeirantes não usavam apenas mão de obra ameríndia, mas também mista, o que de facto compromete muito das analises genômicas, já que estas podem estar anacronicamente não mais puras como o eram antes de tais entradas aos Sertões do interior sul-americano.[carece de fontes?]